Ansvaret för genomförandet av vattendirektivet delas av många, från riksdag och regering via Vattenmyndigheten, Länsstyrelsen och kommunerna till flera andra myndigheter, företag, universitet, vattenvårdsorganisationer och privatpersoner.
Ansvaret för frågor som rör vattenkvalitet och vattenmiljö delas av många. De grova riktlinjerna dras upp av EU genom ramdirektivet för vatten. På nationell nivå är riksdag och regering ytterst ansvariga för att Sverige, i likhet med övriga EU-länder, genomför de krav som finns i direktivet.
Med utgångspunkt i de olika avrinningsområdena har Sverige delats in i fem vattendistrikt. De 21 länsstyrelserna i Sverige har ett gemensamt ansvar för att förvalta kvaliteten på vattenmiljön i hela landet. Fem länsstyrelser är utsedda till vattenmyndigheter och ansvarar för beslut och samordning inom sitt respektive vattendistrikt:
- Länsstyrelsen i Norrbottens län: Bottenvikens vattendistrikt
- Länsstyrelsen i Västernorrlands län: Bottenhavets vattendistrikt
- Länsstyrelsen i Västmanlands län: Norra Östersjöns vattendistrikt
- Länsstyrelsen i Kalmar län: Södra Östersjöns vattendistrikt
- Länsstyrelsen i Västra Götalands län: Västerhavets vattendistrikt