Varje länsstyrelse som är vattenmyndighet har ett kansli som samordnar arbetet inom distriktet och utvecklar vattenförvaltningen nationellt i samarbete med de andra vattendistriktens kanslier.
På respektive länsstyrelse som är vattenmyndighet finns ett kansli som samordnar arbetet inom distriktet och lägger fast ramarna för vattenförvaltningen i distriktet. Kansliet har också en viktig uppgift att i samarbete med de andra vattendistriktens kanslier utveckla vattenförvaltningen nationellt. Genom information och samverkan med aktörer och övriga berörda ska de fem vattenmyndigheterna underlätta en bred delaktighet och ge möjlighet för alla som vill engagera sig i arbetet.
Vattenmyndigheten ska förvalta kvaliteten på vattenmiljön inom vattendistriktet. Det innebär att vattenmyndigheten:
- Fastställer kvalitetskrav för yt- och grundvattenförekomster i vattendistriktet.
- Beslutar om eventuella undantag från kravet att nå god yt- och grundvattenstatus till 2015.
- Upprättar förvaltningsplan och åtgärdsprogram för vattendistriktet.
- Upprättar register över skyddade områden.
- Upprättar och genomför miljöövervakningsprogram.
- Lämnar uppgifter till Havs- och Vattenmyndigheten som de behöver för vidare rapportering till EU-kommissionen. Det gäller till exempel förvaltningsplan och åtgärdsprogram.
- Ska möjliggöra och uppmuntra till att alla berörda parter deltar i vattenförvaltningen.